合作企业指中根据国家的相关规范，在合作企业合同中约定投入或者合作条件、收益或者产品的分配、危机和亏损的分担、经营管理的方式和合作企业终止时财产的归属等事项的企业。

合作企业允许合营各方之间有更灵活的协议。在合作经营企业有权选择设立为有限责任企业或者非法人企业。而在这种非法人企业中，合作伙伴承担无限责任。这意味着，合作伙伴对合作企业的损失要承担完全责任。在实践中，大多数合作企业都是以有限责任企业的形式成立。

合作企业和合资企业之间的另一个紧要区别在于，在合作企业，利润可以根据合作伙伴的自由裁量权分配，而不按照合作伙伴的投入比例分红。当事人也可以约定一方通过加速还款结构收取投入回报，而另一方将在终止企业后，对方成为企业资产的所有者。

1、组织形式

(1)合营企业：均为有限责任企业

(2)合作企业取决于是否取得法人资格：具备法人资格的，其组织形式均为有限责任企业，不具备法人资格的，其合作各方的关系是一种合伙关系

2、出资比例

(1)合营企业：一般不得低于注册资本的25%

(2)合作企业取决于是否取得法人资格：取得法人资格的合作企业，外国投入者的投入比例一般不得低于注册资本的25%;不具备法人资格的合作企业，外国投入者的投入比例不受25%的限制

3、组织机构

(1)合营企业：董事会为最高权力机构

(2)合作企业：具备法人资格的合作企业，一般设立董事会;不具备法人资格的合作企业，一般设立联合经营管理委员会

4、收益分配

(1)合营企业(“股权式”企业)：合营各方必须按照出资比例分配损益

(2)合作企业(“契约式”企业)：合作各方按照合作合同的约定分配损益

剩下的还有：投入回收、经营期限、董事长的产生方式、董事的任期、董事会的特别决议等方面的区别。