第三方存管又名银行存管，它是客户保证金独立存管方式之一，是指证券企业将客户证券交易结算资金交由银行等独立第三方存管。实施客户证券交易结算资金第三方存管制度的证券企业，将不再接触客户证券交易结算资金，而由存管银行负责投入者交易清算与资金交收。客户证券交易资金、证券交易买卖、证券交易结算托管三分离是国际上通用的"防火"规则。

客户在办理第一次第三方存管账户时，需要到银行网点实行身份、账户以及密码确认，并签署相关协议文本，再携带证券企业出具的证明文件到银行营业网点实行身份确认。办理成功后，银行客户第三方存管账户和证券端的客户号之间建立一一对应的关系。

具体历程为先在银行开一个与证券企业对应的存折账户，然后就可以在该账户里存取资金，买股票时再将资金转到银行保证金账户，虽然这时客户仍在证券企业保留有保证金账户，并可以通过该账户查询到资金余额以及交易状况等信息，但该账户实际上只是相对于银行保证金账户的一个虚拟账户，投入者不可能从该账户上取出一分钱，所有的资金在交易完成后都必须回到银行。

“银证通”与“第三方存管”的共同点是，投入者的资金都是存在银行的账户中，券商和银行根据投入者的指令，调出资金买入证券，或将卖出证券资金直接存入账户。

区别点是，在“银证通”业务中，投入者的证券交易资金及其他理财资金放在同一个账户中；而在“第三方存管”模式中，投入者必须在银行专门开一个证券交易资金账户，其中资金只能用于证券交易，而不能作其他用途，例如缴费、还贷款等。

另外，在提取资金上，第三方存管与银证通也有些区别。银证通客户通过银行网点和自助设备可实现全天候转账、取款，但第三方存管却有一定的时间限制。肖鹏表示，建行的第三方存管账户目前还无法做到7×24小时的服务，现在仅能提给每个工作日的上午9时到下午4时的账户服务，周末时间无法受理或无法即时完成客户交易指令。“通过与券商的深化合作，相信第三方账户的交易时间会有延长。”