合作加盟店是指加盟商与特许人共同实行加盟店的实体投入，比如，特许人以设备资本作为投入，加盟商以场地、装修等资本作为投入，特许人负责加盟店经营并承担经营危机，加盟商提取确定利益。

合作加盟店对于加盟商来说，既可以降低投入门槛，又无经营危机，加盟商还可以抽身做其他经营。合作加盟比较适合投入型加盟商。

但由于合同的限制，加盟店如果想将生意转卖给第三者，在未得到特许人同意前，是不被允许的。即使该店的土地及建筑物，都是加盟店自身所拥有。